En 1997, la première phase a commencé à fonctionner à partir  de Washington, DC, et était centrée sur une compilation d’informations sur les écosystèmes forestiers de l’Afrique centrale, tout en renforçant simultanément les ressources humaines régionales et les capacités institutionnelles.

Le programme a débuté dans quatre pays : la République centrafricaine, la Guinée Equatoriale, le Gabon et la République du Congo.  Au cours des années cinq pays se sont ajoutés : le Burundi, le Cameroun, la République démocratique du Congo, le Rwanda, et le Sao Tomé et Principe.

En 1997, comme il n’y avait aucune mission de l’USAID dans les pays du bassin du Congo, la décision a été prise de travailler directement à travers les organismes partenaires travaillant déjà dans la région.  Le premier groupe de dix partenaires a inclus : Wildlife Conservation Society  (WCS), World Resources Institute (WRI), World Wildlife Fund (WWF), World Learning (devenu ensuite Innovative Resource Management– IRM)), le US Forest Service (USFS), le Peace Corps, et la National Aeronautics and Space Administration  (NASA) en collaboration avec les universités de Virginie et du Maryland.  Le dixième partenaire, le Biodiversity Support Program (BSP) -- un consortium financé par l’USAID du WWF, TNC (The Nature Conservancy), et WRI – a géré le programme jusqu'à la fin de son accord coopératif avec le Global Bureau de l’USAID en décembre 2001. 

A partir de 2000, quatre autres partenaires ont commencé à collaborer avec CARPE : l’Union mondiale pour la nature et les ressources naturelles (UICN), Conservation International (CI),  African Wildlife Foundation  (AWF), et le U.S. Fish and Wildlife Service (USFWS).

En janvier 2003, CARPE a commencé sa deuxième phase stratégique, et a officiellement transféré la gestion du programme dans la région.  La phase II de CARPE fonctionne dans le cadre d’un  objectif stratégique régional (SO) géré par le secteur environnemental de l’USAID en République démocratique du Congo (RDC).  La phase II est prévue de durer jusqu’au 11 septembre 2011 et prendra spécifiquement en considération l’appui à la gestion durable des ressources naturelles sur le terrain, l’amélioration de la gouvernance environnementale, et le renforcement des capacités de surveillance des ressources naturelles en Afrique centrale.

La mise en place de la phase II a correspondu au lancement du Partenariat pour les forêts du bassin du Congo (PFBC) lors du Sommet mondial sur le développement durable.  Lors de ce sommet, le gouvernement américain s’est engagé à financer 53 millions de dollars pour le soutien aux activités du PFBC telles que l’exploitation forestière durable, la conservation de la biodiversité et la réduction de la pauvreté.  Le gouvernement américain a identifié CARPE comme étant l’entité principale par laquelle ses fonds seraient déboursés.

De 2003 à 2005, USAID-CARPE a déboursé approximativement 15 millions de dollars américains par an pour promouvoir les objectifs du PFBC ainsi que les priorités administratives et législatives du gouvernement américain suivantes :  l’initiative présidentielle du partenariat pour les forêts du bassin du Congo, l’alliance mondiale pour le développement, l’initiative présidentielle contre l’exploitation forestière illégale, l’initiative des changements climatiques globaux, la section 118 de l’attribution budgétaire des affaires étrangères pour la biodiversité, la section 119 de l’attribution budgétaire des affaires étrangères pour la forêt tropicale, et l’attribution budgétaire pour la micro entreprise.

A son niveau actuel de financement, CARPE représente le plus grand projet de conservation des États-Unis en Afrique.  CARPE a fait la requête pour un niveau semblable de financement pour l’année 2007 et continue à servir de plateforme principale du soutien du gouvernement américain au PFBC. 

En plus des financements fournis par le gouvernement américain, CARPE exige que les partenaires principaux du programme apportent des fonds complémentaires de la part de leurs partenaires respectifs à hauteur d’au moins 50% de la contribution d’USAID,  Jusqu'à présent les principaux partenaires en charge d’exécuter le programme ont réussi à obtenir des contreparties d’approximativement 150 millions de dollars américains de la part de bailleurs internationaux et autres sources ne provenant pas du gouvernement américains. 

En 2011, à la fin de la phase II du programme CARPE, une troisième phase stratégique  devrait se poursuivre jusqu’en 2016.  La phase III est prévue comme étant la période finale pendant laquelle les activités de CARPE seront transférées aux institutions d’Afrique centrale.